Data Structures

• courses.csail.mit.edu/6.851/spring12/lectures

Prefix

• trie tree
  • Trie
  • 前缀树
• radix tree
  • 根树
  • 基数树
  • 压缩前缀树
• patricia tree
  • radix = 2 时

hello,hat,have

trie

   e - l - l - o
  /
h - a - t
    \
     v - e

radix

           *
          /
      (ello)
        /
* - h - * -(a) - * - (t) - *
                  \
                  (ve)
                    \
                     *

• trie 加权 可用于推荐
• courses.cs.duke.edu/cps100/spring16/autocomplete/trie.html

Suffix

• 后缀数组
• stackoverflow.com/questions/9452701
• suffix trie
  • 主要用于
    • 判断 q 是否是 T 的子串
    • 检查 q 是否是 T 的后缀
    • 计算 q 在 T 中出现了几次
    • 找到 T 中重复最长的段
    • 找到 T 和 q 最长的公共子串
  • 空间: 大约每个字符 20 byte,如果要索引的内容很多这个空间还是很大的
  • O(n)
• suffix array
  • wikipedia
  • 速度比 trie 慢,但是空间更小
  • 基本思路
    • 对所有后缀进行排序
    • 将起始索引的后缀存储到数组
    • 使用二分搜索
  • O(n2 log n)
• www.cs.cmu.edu/~ckingsf/bioinfo-lectures/suffixtrees.pdf
• www.cs.cmu.edu/~ckingsf/bioinfo-lectures